Il Comitato dei Ministri (CM) è l'organo decisionale statutario del Consiglio d'Europa. Il suo ruolo e le sue funzioni sono definiti in modo ampio nel capo IV dello statuto. È composto dai ministri degli Affari esteri degli Stati membri. Il Comitato si riunisce a livello ministeriale una volta all'anno e a livello di Delegati (i Rappresentanti permanenti degli stati membri presso il Consiglio d'Europa) settimanalmente. il CM) che si avvale del lavoro di numerosi Comitati intergovernativi con il contributo di esperti nazionali che hanno il compito di preparare, ad esempio, testi di raccomandazioni (soft law) e convenzioni (hard law) che poi sono discussi e adottati dal CM.

Nell’ambito dei diritti umani va citato il Comitato direttivo per i diritti umani (CDDH) che ha funzioni di standard setting e follow-up. Il suo lavoro si articola in due rami principali: in primo luogo, le questioni relative al sistema della Convenzione europea dei diritti dell'uomo, dall'attuazione a livello nazionale, al funzionamento della Corte europea dei diritti dell'uomo, all'esecuzione delle sentenze della Corte, compreso il suo controllo da parte del Comitato dei Ministri; in secondo luogo, lo sviluppo di norme in materia di diritti umani in settori emergenti o controversi. Tra gli altri organismi sussidiari del CM è opportuno menzionare il Comitato direttivo contro la discriminazione, la diversità e l’inclusione (CDADI). Istituito nel 2019 il CDADI ha la finalità di guidare il lavoro intergovernativo del CoE per promuovere l’uguaglianza e costruire società più inclusive che offrano un’adeguata protezione dalla discriminazione e dall’odio e rispetto per la diversità, con particolare attenzione alla situazione di rom e sinti, ai diritti delle persone LGBTI, al contrasto dei crimini di odio e all’integrazione interculturale dei migranti. L’Italia con il Direttore generale dell’ Ufficio Italiano anti discriminazioni (UNAR) ha presieduto i primi lavori del CDADI che hanno portato all’adozione di due importanti raccomandazioni del CM contro il discorso d’odio ed i crimini d’odio.