All’interno del Consiglio, in cui si riuniscono i ministri nazionali di ciascun paese dell'UE, sono attivi i Gruppi di lavoro "Diritti umani" (COHOM), "Diritti fondamentali, diritti dei cittadini e libera circolazione delle persone" (FREMP), "Asilo" e "Diritto internazionale pubblico"; all’interno di quest’ultimo opera un sottogruppo dedicato alla Corte penale internazionale.

Tra le attività specifiche del Consiglio in materia di diritti umani si segnalano l’elaborazione di diverse “linee guida”, pubblicate a partire dal 2008 per garantire un quadro di riferimento comune per la promozione e la protezione dei diritti umani nei Paesi terzi nell’ambito della politica estera e di sicurezza comune, e la possibilità (votando a maggioranza assoluta) di comminare sanzioni individuali nell’ambito del Regime Globale di Sanzioni per i Diritti Umani, istituito nel 2020.